苹果手机短信莫名其妙消失，可能有以下几种原因。
1、可能是用户不小心删除了短信，可以在短信回收站中尝试恢复。
2、可能是批量删除或云端同步时产生了问题，可以尝试重新同步，或者检查是否开启了自动删除短信的功能。
3、可能是一些软件或病毒干扰了短信的正常功能，可以尝试重启手机或扫描手机进行杀毒。
4、可能是iCloud同步问题导致的短信消失，可以尝试关闭iCloud同步，然后再重新打开，或者检查是否因为存储空间不足导致短信无法完全同步到iCloud上。
5、如果使用了某些短信应用管理功能，可能误触删除了某些短信，建议检查这些应用的设置和日志，看是否有误操作记录。
针对以上原因，可以尝试以下解决方法：
1、对于误删除的短信，可以尝试从iTunes备份恢复或iCloud备份恢复。
2、检查手机的存储空间，如果不足应及时清理空间并同步iCloud。
3、尝试更新或重新安装短信应用，并调整相关设置。
4、如果怀疑是软件或病毒干扰，可以尝试重启手机或进行手机全面杀毒。
如果以上方法都无法解决问题，建议联系苹果官方客服或前往附近的苹果专卖店进行检查和修复。
