苹果手机短信自动删除后，可以尝试以下方法恢复。
1、iTunes备份恢复：如果之前有使用iTunes备份手机数据，可以通过恢复备份来找回短信，连接iPhone至电脑，打开iTunes并识别设备，进入“恢复备份”界面选择最新的备份文件进行恢复。
2、iCloud备份恢复：如果开启了iCloud备份并且短信有同步备份，可以通过iCloud备份恢复短信，连接iPhone至网络并登录iCloud账号，找到备份文件并恢复。
3、使用第三方软件恢复：可以选择一些第三方数据恢复软件如“强力恢复软件”来尝试恢复删除的短信，连接手机至电脑后，通过软件扫描手机数据库来恢复删除的短信，但这种方法可能存在风险，使用时需谨慎。
关于如何设置短信不自动删除，有以下两种方法：
1、关闭短信自动删除功能：在手机设置中选择“信息”或“短信”，找到“信息存储”或类似的选项，关闭自动删除或自动同步的开关。
2、使用iTunes或iCloud备份定期备份手机数据：这样可以避免短信因存储不足而被自动删除，在iTunes或iCloud中创建新的备份文件并定期更新备份。
方法不能保证一定能够恢复所有删除的短信，且操作需谨慎，如有需要，建议咨询苹果官方客服或数据恢复专家进行指导。
