如果您的苹果手机短信全部已读后仍然显示有未读标记，可能有以下几种原因。
1、短信应用缓存或同步问题：尝试重启设备，然后重新打开短信应用查看是否解决了问题。
2、未读短信计数错误：在某些情况下，短信应用的未读计数可能会出现错误，尝试进入短信应用的设置，检查是否有未读短信或通知的选项，并尝试将其标记为已读。
3、通知设置问题：检查设备的通知设置，确保短信应用的通知已启用并且设置为显示未读消息，如果通知被禁用或设置不正确，可能会导致未读标记不正确显示。
4、软件问题：可能是操作系统或短信应用的软件问题导致的，尝试更新操作系统和短信应用到最新版本，以确保您使用的是最新的功能和修复程序。
5、短信本身的问题：也有可能是某条短信本身存在问题导致无法正确标记为已读，尝试删除并重新接收该短信。
如果以上方法都无法解决问题，建议联系苹果官方客服或前往附近的苹果专卖店寻求帮助，他们可能能够提供更具体的解决方案或协助解决问题。
