苹果手机设置短信自动删除可能有以下几种原因。
1、可能是设置了自动删除短信功能，可以进入短信界面，查看是否有“删除旧信息”的按钮被激活，如果有，可能是不小心按到了这个按钮，导致短信被自动删除。
2、可能是在 iMessage 中设置了自动删除短信的功能，可以依次点击“设置”、“信息”，检查是否开启了“信息保留时间”，如果选择了自动删除模式，那么过期后的短信可能会被自动删除，可以根据需要选择保留一天的短信或永久保留。
3、如果使用了第三方软件管理手机短信，也可能导致短信被自动删除，可以尝试卸载该软件并清理缓存，然后重新查看短信是否还存在。
4、手机系统问题也可能导致短信自动删除，可以尝试重启手机或更新系统版本来解决这个问题，如果问题仍然存在，可能需要考虑将手机恢复到出厂设置或者寻求专业的技术支持。
在尝试解决问题时，请确保备份所有重要数据，以防意外丢失，如果以上方法都不能解决问题，建议联系苹果官方客服寻求帮助。
