苹果手机短信保存永久仍被删除可能有以下几种原因。
1、可能是自己手动删除了某个短信，虽然设置了永久保存，但这只是防止系统自动删除，手动删除仍然会失去短信记录。
2、可能是在系统升级过程中出现了问题，有时，升级iOS系统后可能会出现一些不稳定因素，导致短信消失，可以尝试重启设备或检查是否有新的系统更新补丁来解决这个问题。
3、如果手机中有使用其他清理软件或助手，它们可能会误删除短信，一些备份恢复操作也可能导致短信丢失，建议谨慎使用第三方工具，并确保只备份重要的短信和数据。
4、如果手机被盗或丢失，并且启用了自动抹除数据功能，那么重置设备后所有短信都将被永久删除，为了防止这种情况，建议开启双重认证和设置复杂的密码来保护设备安全，定期备份重要数据也是一个好习惯。
尽管设置了永久保存，但仍然有可能因为各种原因导致短信被删除，建议定期备份重要短信和数据以避免意外丢失，如果误删了重要短信且无法恢复，建议咨询苹果官方客服寻求帮助。
