苹果短信全部已读后仍有数字显示，可能是因为短信存在未同步或者缓存问题。可以尝试以下方法解决这个问题。
1、重启设备：尝试重启iPhone，这有助于刷新系统和清除缓存。
2、检查是否有未读通知：打开通知中心，查看是否有其他未读通知，有时候通知中心的未读通知也会影响到短信计数器的显示。
3、检查短信是否已删除：确认短信是否真的已经全部删除，有时候可能因为系统延迟导致已删除短信仍显示未读计数。
4、同步短信：如果使用了iCloud或者其他云服务同步短信，尝试断开同步后重新连接，或者重新同步一下短信。
5、检查软件版本：确保操作系统和短信应用都是最新版本，有时候更新版本会修复此类问题。
6、还原所有设置：如果以上方法都不奏效，可以尝试在设置中选择“通用”选项，然后找到“还原”选项，选择“还原所有设置”，此操作不会删除数据，但会重置设备的设置。
如果以上方法都无法解决问题，建议联系苹果官方客服寻求帮助。
