如果您的苹果手机显示短信有1条，但是在短信应用中却看不到这条短信，可能有以下几种原因。
1、短信可能被归类到“通知”或“过滤未知发件人”：某些情况下，非来自联系人的短信可能被归类到通知或过滤未知发件人的文件夹中，您可以尝试查看这些分类中的短信。
2、短信可能被删除或移动：有可能是其他人操作您的手机删除了短信，或者您不小心移动了短信的位置，您可以尝试在已删除邮件或垃圾箱中查找。
3、软件问题或系统错误：有时系统错误可能导致短信显示异常，您可以尝试重启设备，或者更新iOS系统以查看问题是否得到解决。
4、短信可能被拦截：如果您的手机安装了某些安全软件或拦截软件，可能会拦截某些短信，您可以检查这些软件的设置，确保没有误拦截重要短信。
如果以上方法都无法解决问题，建议您备份手机数据并尝试恢复系统，或者联系苹果官方客服寻求帮助。
