要在iPhone上删除iPad上的短信，可以通过以下几种方法进行操作。
使用iCloud同步删除
1、在iPhone上打开“设置”。
2、滚动到下方并点击“信息”。
3、打开iMessage信息开关，并在同一Apple ID下设置两部设备的iCloud。
4、确保两台设备都使用相同的Apple ID登录iCloud。
5、在iPhone上进入“设置”>“iCloud”，开启“信息”选项，即可同步信息，当两台设备同步后，在iPhone上删除短信，iPad上的相应短信也会被删除。
方法二：使用第三方软件同步删除
可以使用第三方软件如AnyTrans来删除iPad上的短信，使用此类软件时，请确保从官方渠道下载，并根据软件的引导进行操作，这些软件可以帮助管理并同步两台设备的数据，包括删除信息。
方法三：手动删除
如果只想单独删除iPad上的短信而不影响iPhone，可以直接在iPad上操作，在iPad的信息应用中，长按要删除的短信或对话，然后选择删除，这种方式只会删除iPad上的短信，不会影响到iPhone上的数据。
在进行任何数据同步或删除操作之前，请确保备份重要数据以防意外丢失，如果操作过程中出现疑问或遇到困难，建议查阅设备的使用手册或寻求专业人士的帮助。
