苹果手机查询已删除的短信，主要有以下方法。
1、iTunes备份：若之前有使用iTunes备份过手机数据，那么可以通过iTunes恢复已删除的短信，具体步骤为：打开iTunes，点击“恢复备份”，选择最近的备份文件，选择恢复数据，这样，之前备份的短信数据就会恢复到手机中。
2、iCloud备份：若使用iCloud备份过手机数据，也可以通过iCloud恢复已删除的短信，具体步骤为：打开iPhone的设置，点击“通用”-“还原”，选择“从iCloud备份恢复”，然后登录Apple ID并选择最近的备份文件，即可恢复之前备份的数据。
3、第三方软件：可以使用第三方软件来恢复已删除的短信，使用万兴数据恢复软件（iPhone Data Recovery）等，根据软件的使用指南进行操作即可，但请注意，使用第三方软件可能存在风险，建议谨慎操作。
还可以通过以下方式尝试恢复：
1、查看最近删除文件夹：苹果手机有一个“最近删除”的文件夹，可以在其中找到最近删除的短信，进入短信界面，滑动到最下方，点击“最近删除”进行查看。
2、查看历史记录：有些手机安全助手或短信应用会有浏览历史记录的功能，可以在其中找到已删除的短信记录。
这些方法并非绝对能够成功恢复所有已删除的短信，因此建议在重要短信被删除后尽快采取措施进行恢复，定期备份手机数据是一个好习惯，可以有效避免数据丢失的风险。
