苹果手机自动清除短信可能有以下几种原因。
1、可能是iCloud自动同步存储满了导致的，在iCloud中，如果开启了短信同步，那么iPhone上的短信会被上传到iCloud服务器上存储，如果此时iCloud存储空间不足，可能会导致部分短信被自动删除，此时可以考虑关闭短信同步功能或清理iCloud存储空间，具体操作步骤如下：点击“设置”，找到“Apple ID”，点击“iCloud”，选择关闭短信同步功能即可，还可以进入iCloud查看存储空间，选择不需要备份的内容进行清理。
2、也可能是手机存储空间不足导致的，当手机存储空间不足时，系统可能会自动删除一些文件或信息以释放空间，此时可以尝试删除一些不需要的文件或卸载一些不常用的应用程序来释放空间，也可以考虑清理短信缓存或缓存区，以释放更多空间，具体操作步骤因系统版本而异，可以在设置中找到相关选项进行清理。
3、如果手机开启了低电量模式，可能会因为电量不足而自动删除部分短信，这是正常的手机功能，可以尝试关闭低电量模式以避免这种情况发生。
如果以上方法都不能解决问题，建议备份重要短信后恢复出厂设置或寻求苹果官方售后服务的帮助，也可以尝试通过iTunes恢复备份来解决短信误删的问题。
