如果您的苹果手机在打电话时经常弹出短信来自提示，可能是由于以下几种原因导致的。
1、短信应用未关闭：在通话过程中，如果短信应用未完全关闭，可能会弹出新的短信提示，尝试在通话前关闭短信应用，或者清理后台运行的应用，以确保短信应用不会干扰通话。
2、系统通知设置：检查手机的通知设置，确保没有为短信应用或其他相关应用设置弹出通知，可以在“设置”中找到“通知”选项，然后针对短信等应用进行相应的调整。
3、运营商问题：有时候运营商的短信服务可能会出现问题，导致短信无法正常接收或处理，您可以尝试联系您的运营商，了解是否存在相关的问题或解决方案。
4、软件问题：如果您的手机存在软件问题或系统漏洞，可能会导致通话时弹出短信提示，尝试更新手机系统或恢复手机到出厂设置，以解决这个问题。
如果以上方法都无法解决问题，建议您联系苹果官方客服或前往苹果专卖店寻求进一步的帮助，他们可以提供更专业的解决方案或建议。
