如果您的苹果手机短信已经阅读了，但仍然显示未读消息，可能是由于以下几个原因导致的。
1、软件错误或系统bug：手机操作系统可能会出现一些错误或bug，导致短信状态显示异常。
2、通知设置问题：可能是通知中心的设置出现了问题，您可以尝试在设置中检查短信应用的通知设置，确保您已经开启了相关的通知选项。
3、短信应用问题：可能是短信应用本身的问题，您可以尝试重启短信应用或者卸载并重新安装短信应用，看看问题是否得到解决。
4、未真正读取：虽然您可能认为已经读取了短信，但是可能在某些情况下未能成功标记为已读，您可以尝试手动标记短信为已读，看看问题是否得到解决。
如果以上方法都无法解决问题，建议您尝试重启手机或者联系苹果客服寻求进一步的帮助。
