建行短信服务费的扣费规则并不是一年扣两次。一般来说，建设银行短信服务费是按照每月收取的，服务费用为每月3元，一年则是按照月份数量收取相应的费用。因此，一年内不会收取两次费用。如果一年内出现了两次扣费的情况，那么可能存在以下原因。
1、账户余额不足导致扣费不成功，银行会收取未成功的服务费，直到账户余额充足时再次扣除，这种情况下，可能会出现一年扣两次的情况。
2、用户办理了短信提醒套餐服务，该服务是按年扣费，这种情况下，银行会一次性扣除一年的短信服务费，但请注意，短信服务属于增值业务服务，用户有权随时取消该服务，取消后，银行将不再收取短信服务费，即使按年扣费，也不会出现一年扣两次的情况。
如果出现一年扣两次费用的疑虑，建议查询建设银行的账户明细以了解具体扣费原因，如果对扣费情况存在疑问或不满，可以联系建设银行客服进行咨询和投诉。
