花呗已经还清，但仍然收到催款短信，可能存在以下几种情况。
1、延迟到账：由于信息延迟，可能你已还款的信息尚未同步到花呗系统，因此仍会发送催款短信。
2、系统问题：有时花呗系统自身的问题可能导致信息发送错误。
3、第三方扣款：如果你使用了第三方渠道进行还款，可能由于第三方渠道的问题，花呗仍然会认为你的账单未还。
4、未还分期账单：如果你的花呗账单包括分期部分，且分期部分尚未还清，那么即使你已经还清了部分金额，花呗仍然会针对分期部分发送催款短信。
5、逾期记录：如果你之前存在未按时还款的记录，即使这次已经还清，花呗可能仍然发送提醒短信。
为了解决这个问题，你可以采取以下措施：
1、登录支付宝或花呗账户，查看具体的还款记录和账单明细，确认是否还存在未还清的款项。
2、联系花呗客服，了解具体情况并寻求帮助。
3、如果确认已经还清所有款项，可以向花呗客服说明情况并提供相关证据，要求他们核实并解决问题。
如果以上措施无法解决问题，你还可以联系支付宝客服热线95188进行咨询，确保自己的账单已经还清并了解清楚催款短信的具体原因是非常重要的。
