如果您的苹果手机短信已经删除了，但仍然显示有未读短信，可能有以下几种原因和解决方法。
1、未完全删除：可能您并没有完全删除短信，只是删除了部分或某些特定的短信对话，请再次检查短信应用中的其他对话，确认是否还有未删除的短信。
2、通知标记未清除：有时即使短信被删除，通知中心的未读标记可能仍然存在，您可以前往通知中心（在屏幕上滑动下来或使用通知中心的通知功能），找到短信应用的通知，并清除未读标记。
3、软件问题：可能是iOS系统的软件问题导致短信显示异常，尝试重新启动手机，这有助于刷新系统并清除临时问题，如果问题仍然存在，您可以考虑备份并恢复设备，或联系苹果官方客服寻求帮助。
4、第三方应用干扰：某些第三方应用可能与短信应用产生冲突，导致短信显示异常，尝试暂时禁用或删除最近安装的可疑应用，看看问题是否得到解决。
5、短信存储问题：如果您的手机存储空间不足或短信存储区域出现问题，也可能导致短信显示异常，请检查手机的存储状态并确保有足够的空间。
如果以上方法都无法解决问题，建议您联系苹果官方客服或前往附近的苹果专卖店寻求进一步的帮助和解决方案，他们可能能够更深入地诊断问题并提供针对性的解决方案。
