如果苹果手机桌面上的短信应用被删除，你可以尝试以下几种方法来恢复。
1、从App Store重新下载：打开App Store，在搜索栏中输入“短信”或“Messages”，然后在结果中找到苹果官方的短信应用，点击下载即可。
2、从备份中恢复：如果你之前有使用iTunes或iCloud备份手机，那么可以从备份中恢复已删除的短信应用，连接手机到电脑，打开iTunes或iCloud，选择相应的备份文件，点击恢复。
3、使用第三方软件：有一些第三方软件可以帮助你恢复误删的应用，PP助手”等，你可以在App Store下载这些软件，然后使用其中的工具来恢复短信应用，但请注意，使用第三方软件可能存在风险，所以请确保从官方渠道下载，并谨慎操作。
如果以上方法都无法恢复短信应用，那么可能是手机系统存在问题或其他硬件问题导致的，建议联系苹果官方客服或前往附近的苹果专卖店寻求帮助。
恢复已删除的应用并不一定能恢复应用内的所有数据，包括短信中的消息记录等，定期备份手机数据是非常重要的。
