短信被拦截后是否扣费取决于短信的类型和拦截方式。一般来说，验证码类的短信被拦截后，通常不会收取费用。但如果是订阅类的短信服务，即使被拦截，依然会根据服务提供商的收费标准进行扣费。至于微信，其短信扣费通常与订阅服务或支付通知相关，如果被拦截的短信不涉及这些服务，则不会因此产生额外费用。但如果涉及支付通知等重要信息被拦截，可能会影响用户的账户安全。因此，建议用户根据具体情况合理处理拦截的短信。
仅供参考，如需准确信息，建议咨询运营商或微信客服，用户也可以考虑使用短信过滤功能来区分重要短信和其他信息，避免重要短信被误拦截。
