发短信会扣除的是话费。
手机发送短信的原理是，将用户输入的文字信息通过移动网络传输到对方的手机设备上，这个过程需要消耗一定的网络资源，因此会产生费用，而对于流量，更多的是用于手机上网、下载数据、使用某些APP等在线活动，一般发送短信所产生的费用是计在手机话费中的。
不过，现在许多套餐都会提供一定的免费短信额度，额度内发送短信是免费的，当超出额度后，运营商会按照超出部分短信的数量或字数来收取费用，具体的收费标准和规则可能会因运营商和套餐的不同而有所差异，建议咨询所使用的运营商或查询相关套餐的详细介绍。
